因島村上氏の当主。官途名は新蔵人。先代当主・吉資の子。吉直の父。
大内氏との関係
年未詳十二月、周防の守護大名・大内政弘は村上吉充に対し、吉充から久しく便りが無いのは「慮外」のことだとして、特に用件が無くても、まめに連絡してくれるよう求めている。周防大内氏が、因島村上氏との関係強化を図っていることがうかがえる。
亀若丸への譲状
吉充は文明十五年(1483)十一月、嫡子とみられる「亀若丸」への譲状を作成する。この中で、主君から給付された所領と、因島村上氏の私領、ならびに「札浦」を譲る旨を伝えている。なお「札浦」は、通航する船から関銭を徴収する港を指すとみられる。
また「御屋形様」(山名政豊か)へ、余儀なく奉公するよう述べている。当時の因島村上氏は、基本的には備後守護・山名氏に従属する立場をとっていたことがうかがえる。